Microbioma del perro: qué es y por qué importa

En el intestino de tu perro viven miles de millones de bacterias. No las ves, pero trabajan para él cada día. Los científicos llaman a esta comunidad microbioma intestinal y a veces hablan de ella como de un «órgano invisible».

Qué es el microbioma intestinal

El microbioma intestinal es una comunidad variada de microbios, sobre todo bacterias, que viven en el tubo digestivo del perro. No es una mezcla al azar. Las bacterias colaboran, compiten por el alimento y fabrican sustancias que el organismo del perro aprovecha. En cada perro es un poco distinto y cambia con la alimentación, los medicamentos y la edad.

¿De qué se compone el microbioma del perro?

La mayoría de las bacterias del intestino del perro pertenece a cinco filos: Firmicutes, Fusobacteria, Bacteroidetes, Proteobacteria y Actinobacteria (revisión de Pilla y Suchodolski, 2020). En un estudio con 29 perros de compañía, los tres filos más abundantes, Bacteroidetes, Firmicutes y Fusobacteria, representaban cada uno, de media, más del 20 % de las bacterias (Kubinyi et al., 2020).

La composición exacta es distinta en cada perro. Dos grupos tienen un papel especial:

• Faecalibacterium. Forma parte de las bacterias que producen ácidos grasos de cadena corta (Pilla y Suchodolski, 2020). En un estudio con 13 perros sanos y 13 perros con diarrea aguda, los perros con diarrea tenían menos (Guard et al., 2015).
• Peptacetobacter hiranonis (antes Clostridium hiranonis). Según una revisión, es clave para la transformación de los ácidos biliares (Németh et al., 2026). También es uno de los siete grupos bacterianos con los que, junto con la cantidad total de bacterias, se calcula el Dysbiosis Index (AlShawaqfeh et al., 2017).

Dónde vive y qué hace

• Intestino gruesoAquí vive la mayor parte de las bacterias. Es su principal «lugar de trabajo».Pilla y Suchodolski, 2020
• Ácido butíricoLas bacterias lo fabrican a partir de la fibra. Es el principal combustible de las células del intestino grueso.Pilla y Suchodolski, 2020

El microbioma ayuda al perro a procesar alimentos que no podría digerir por sí solo y forma parte de sus defensas. El sistema inmunitario «aprende» con las bacterias intestinales qué está bien y qué no.

¿Qué hace el microbioma del perro?

Funciones principales del microbioma intestinal del perro

Ámbito	Qué hace el microbioma
Digestión de la fibra	Las bacterias descomponen la fibra que el perro no digiere por sí mismo y producen con ella ácidos grasos de cadena corta, como el ácido butírico (Pilla y Suchodolski, 2020).
Ácidos biliares	Las bacterias transforman los ácidos biliares del hígado en sus formas secundarias. Tras el metronidazol, había menos en las heces de perros sanos (Pilla et al., 2020).
Inmunidad	Las bacterias intestinales «enseñan» al sistema inmunitario a distinguir lo que está bien (Pilla y Suchodolski, 2020).
Protección del intestino	Según una revisión, el microbioma participa en la protección frente a patógenos, es decir, bacterias que pueden causar problemas (Pilla y Suchodolski, 2020).

¿En qué se diferencia el microbioma del perro del humano?

El microbioma del perro se parece más al humano que el de los cerdos o los ratones. Así lo indica el trabajo de Coelho et al. (2018), que comparó los metagenomas intestinales de perros, personas, ratones y cerdos y elaboró un catálogo de 1 247 405 genes del microbioma canino.

La respuesta a la comida también fue parecida. En el mismo estudio, dos dietas distintas tuvieron un efecto grande y repetible sobre el microbioma de los perros, sin importar la raza ni el sexo, y las respuestas coincidían con estudios anteriores en personas. En perros con sobrepeso, los cambios tras una dieta rica en proteínas fueron mayores que en perros delgados.

Aun así, un perro no es una persona pequeña, y lo que funciona en humanos puede no funcionar en perros. Por eso no traslades los datos de personas a tu perro sin comprobarlo.

Intestino, piel y comportamiento

La investigación sobre el microbioma canino avanza deprisa y los primeros estudios sugieren que el intestino se relaciona también con otras partes del cuerpo:

• Piel. En un pequeño estudio piloto, los perros con dermatitis atópica (12 perros) tenían una composición de bacterias intestinales distinta a la de los perros sanos (20 perros), lo que apunta a una relación entre el intestino y la piel (Sugita et al., 2023). En algunos perros, los problemas de piel pueden estar ligados también al intestino. Pero la causa del picor siempre la determina el veterinario.
• Comportamiento. En dos estudios pequeños (31 y 42 perros), los perros con agresividad o miedos tenían una composición de bacterias intestinales distinta a la de los perros sin estos problemas (Kirchoff et al., 2019; Mondo et al., 2020). Es una relación, no una prueba de que las bacterias causen el comportamiento. En este campo la investigación apenas empieza.

¿Qué es la disbiosis y el Dysbiosis Index?

La disbiosis es un desequilibrio de las bacterias intestinales en el que cambia la composición del microbioma y, con ella, las sustancias que producen las bacterias (Pilla y Suchodolski, 2020). No es una enfermedad por sí misma. El artículo Disbiosis en perros: causas, síntomas y qué hacer se ocupa de ella en detalle.

El Dysbiosis Index es un cálculo de laboratorio que expresa el grado de disbiosis con un solo número a partir de una muestra de heces. Se basa en la cantidad total de bacterias y en siete grupos bacterianos, entre ellos Faecalibacterium, Fusobacterium y Peptacetobacter hiranonis. En el trabajo de AlShawaqfeh et al. (2017), con 95 perros sanos y 106 perros con enfermedad inflamatoria crónica del intestino, este índice distinguió entre ambos grupos con una sensibilidad del 74 % y una especificidad del 95 %. Un valor negativo indica un estado normal y uno positivo, disbiosis.

La prueba no dice por qué está alterado el microbioma ni sustituye a una exploración. Qué esperar de un análisis y qué no, lo encuentras en el artículo Test de microbioma en perros: qué muestra el análisis.

¿Cómo saber si el microbioma del perro está desequilibrado?

En casa no se puede saber con seguridad. El microbioma no se ve, solo ves lo que ocurre a su alrededor. En los estudios se encontró disbiosis en perros con diarrea aguda (Guard et al., 2015), en enfermedades intestinales crónicas y tras los antibióticos (Pilla y Suchodolski, 2020). Por eso se asocian con ella estos síntomas digestivos:

• Heces blandas o diarrea que vuelve o no se quita. Cómo interpretar las heces lo explica el artículo Heces del perro: qué revelan color, forma y consistencia.
• Heces que alternan entre duras y líquidas, moco o un olor distinto en las heces.
• Gases y ruidos en la barriga, sobre todo si aparecen tras los antibióticos o tras un cambio de comida.
• Vómitos, menos apetito o pérdida de peso, que requieren ir directamente al veterinario.

Ojo: nada de esto prueba que haya disbiosis. Los mismos síntomas pueden deberse a parásitos, intolerancia a la comida o inflamación del páncreas, y en casa nadie puede distinguirlos de la disbiosis. La causa la determina el veterinario. Qué hacer ante una diarrea lo resume el artículo Diarrea en perros: qué hacer y cuándo ir al veterinario, y una visión más amplia la encuentras en el artículo Problemas digestivos en perros: síntomas y causas.

Microbioma equilibrado frente a disbiosis: qué cambia en los estudios

Indicador	Equilibrado	En la disbiosis
Diversidad	Una comunidad variada de bacterias.	Menor riqueza y diversidad de bacterias en perros con diarrea aguda (Guard et al., 2015) y con enfermedad intestinal crónica (Pilla y Suchodolski, 2020).
Peptacetobacter hiranonis (antes Clostridium hiranonis)	La principal bacteria que en el intestino del perro transforma los ácidos biliares primarios en secundarios.	Disminuye. Entre el 50 y el 60 % de los perros con enfermedad intestinal crónica tienen esta bacteria reducida (Suchodolski, 2021).
Ácidos biliares secundarios	Se forman al transformar los primarios y ayudan a mantener bajo control algunas bacterias no deseadas.	Hay menos cuando disminuye P. hiranonis (Suchodolski, 2021). Tras 14 días de metronidazol, había menos en las heces de perros sanos (Pilla et al., 2020).
Faecalibacterium y Fusobacterium	Presentes de forma habitual.	Suelen disminuir (Suchodolski, 2021). En perros con diarrea aguda había menos Faecalibacterium (Guard et al., 2015).
E. coli y Streptococcus	Proporción pequeña, parte normal del intestino.	La proporción suele aumentar (Suchodolski, 2021). Lo que cuenta es la relación entre las bacterias, no su mera presencia.
Dysbiosis Index	Un número negativo.	Un valor superior a 2 se considera hoy disbiosis, y los valores de 0 a 2 son limítrofes e indican un cambio leve (Suchodolski, 2021).

Tampoco la tabla es una guía de diagnóstico. El Dysbiosis Index no establece un diagnóstico: en un estudio más amplio, alrededor del 36 % de 146 perros con enfermedad intestinal crónica tenía un valor normal (Sung et al., 2023). El número muestra el estado de las bacterias, no su causa.

¿Cómo cambian el microbioma del perro la alimentación y la edad?

La alimentación cambia la composición del microbioma canino de forma rápida y notable. En 11 perros adultos sanos, el paso gradual de pienso seco a una dieta con mucha carne de vacuno cocida y picada provocó cambios en la composición de las bacterias de las heces. Al volver al pienso, la composición volvió en gran parte a su estado anterior (Herstad et al., 2017). Por eso son importantes la estabilidad y los cambios graduales, como explicamos en el artículo Cambio de pienso en perros: plan de 7 a 10 días. De la fibra, el principal «alimento» de las bacterias intestinales, trata Fibra para perros: para qué sirve y cuándo añadirla.

La edad también influye:

• Cachorros. Hacia el destete, con el paso de la leche a la comida sólida, el microbioma de los cachorros se va pareciendo poco a poco al de los perros adultos. Pero los cambios continúan hasta la edad adulta (revisión de Balouei et al., 2023).
• Perros mayores. En un estudio con 29 perros de compañía, los perros mayores tenían una proporción menor de bacterias Fusobacteria (Kubinyi et al., 2020), aunque era un estudio transversal pequeño. Otro estudio, basado en el cultivo de bacterias de las heces, describió que en los perros mayores los lactobacilos tienden a disminuir (Masuoka et al., 2017).

Qué altera el microbioma

1. Antibióticos. Afectan también a las bacterias «buenas», y el intestino puede tardar varias semanas en recuperarse. Tras 14 días de metronidazol en perros sanos, algunos cambios, como la disminución de Fusobacteria, no habían desaparecido del todo cuatro semanas después de suspenderlo (Pilla et al., 2020). Los antibióticos suelen ser imprescindibles, así que dáselos siempre exactamente como indique el veterinario. Más información en el artículo Perro después de los antibióticos: cómo apoyar su barriguita.
2. Cambio brusco de comida. Si le cambias el pienso de un día para otro, las bacterias tienen que adaptarse deprisa. Que la dieta modifica la composición de las bacterias de las heces lo mostró un estudio con perros sanos, incluso con un cambio gradual (Herstad et al., 2017). Haz la transición al nuevo pienso de forma gradual, a lo largo de varios días.
3. Enfermedades intestinales. En las enfermedades intestinales crónicas suele haber una composición bacteriana alterada. Aquí el perro necesita al veterinario.

¿Qué puedes hacer por el microbioma de tu perro?

Por el microbioma del perro puedes hacer en casa sobre todo esto: mantener un pienso estable y de calidad, cambiarlo poco a poco, no tratar los problemas por tu cuenta y fijarte en las heces.

• Pienso estable. Si a tu perro le sienta bien, no lo cambies sin necesidad.
• Cambios graduales. Mezcla el pienso nuevo por partes, no de un día para otro. Encontrarás la guía en el artículo Cambio de pienso en perros: plan de 7 a 10 días.
• Antibióticos solo según el veterinario. No se los des «por si acaso» y nunca los suspendas sin consultar al veterinario.
• Suplementos solo tras consultarlo. Si un probiótico tiene sentido, lo decide el veterinario. Tienes una visión general en el artículo Probióticos para perros: qué son y cómo elegirlos.
• Fíjate en las heces. Son el indicador más barato de lo que pasa en el intestino. Cómo interpretarlas lo explica Heces del perro: qué revelan color, forma y consistencia.

Si los problemas de digestión o el picor se repiten, pide cita para una revisión, aunque no sea nada urgente. El microbioma es solo una pieza del puzle y puede haber varias causas. De las heces que siguen siendo blandas trata el artículo Heces blandas en perros: causas y qué hacer.

Cómo se puede conocer el microbioma

La composición del microbioma se puede averiguar a partir de una muestra de heces. El análisis muestra qué bacterias viven en el intestino y en qué se aleja su composición de lo habitual. Qué esperar de una prueba así, y qué no, lo encuentras en el artículo Test de microbioma en perros: qué muestra el análisis.

Preguntas frecuentes

¿Qué es el microbioma del perro?

El microbioma del perro es la comunidad de bacterias y otros microbios que viven en su tubo digestivo, sobre todo en el intestino grueso. Ayuda a digerir la fibra, transforma los ácidos biliares en sus formas secundarias y forma parte de sus defensas. En cada perro es un poco distinto y cambia con la alimentación, los medicamentos y la edad.

¿Dónde vive la mayor parte de las bacterias en el cuerpo del perro?

En el intestino grueso. El número y la variedad de bacterias aumentan a lo largo del tubo digestivo, desde el estómago hacia el final, y en el intestino grueso predominan las que no necesitan oxígeno. Allí producen, a partir de la fibra, ácidos grasos de cadena corta, como el ácido butírico, que las células del intestino grueso usan como principal fuente de energía.

¿Qué altera el microbioma del perro?

Lo más habitual son los antibióticos, un cambio brusco de comida y las enfermedades intestinales. En un estudio con perros sanos, algunos cambios tras el metronidazol seguían visibles cuatro semanas después de suspenderlo. Pero los antibióticos suelen ser imprescindibles, así que dáselos siempre exactamente como indique el veterinario. Cambia el pienso poco a poco y consulta si los problemas se repiten.

¿Qué bacterias viven en el intestino del perro?

La mayoría pertenece a cinco filos: Firmicutes, Fusobacteria, Bacteroidetes, Proteobacteria y Actinobacteria. En un estudio con 29 perros de compañía, Bacteroidetes, Firmicutes y Fusobacteria representaban cada uno, de media, más de una quinta parte de las bacterias. La composición exacta es distinta en cada perro y cambia con la alimentación, la edad y los medicamentos.

¿Se parece el microbioma del perro al humano?

En contenido genético se parece más al humano que el de los cerdos o los ratones. Según un estudio de 2018, el microbioma del perro respondió a un cambio de dieta de forma similar a lo que estudios anteriores habían descrito en personas. Aun así es otra especie, y lo que vale para las personas puede no valer para el perro. No traslades los datos humanos a tu perro sin comprobarlo.

¿Qué es la disbiosis en el perro?

La disbiosis es un desequilibrio de las bacterias intestinales en el que cambian la composición del microbioma y las sustancias que producen las bacterias. No es una enfermedad por sí misma, sino un estado que acompaña a muchos problemas digestivos. El laboratorio puede expresarla con el Dysbiosis Index, donde un valor negativo indica un estado normal. La causa, en cambio, siempre la determina el veterinario.

¿Se puede recuperar el microbioma del perro?

Nadie puede asegurártelo. Al retirar el factor perturbador, la composición suele volver hacia la original, pero no siempre y de forma distinta en cada perro. Al volver al pienso seco, los cambios provocados por el cambio de dieta en gran parte se revirtieron (Herstad et al., 2017), y tras el metronidazol algunos cambios no habían desaparecido ni a las cuatro semanas (Pilla et al., 2020). Lo que ayuda es una alimentación estable y el veterinario.

Fuentes

1. Pilla R, Suchodolski JS (2020). The Role of the Canine Gut Microbiome and Metabolome in Health and Gastrointestinal Disease. Frontiers in Veterinary Science. doi.org/10.3389/fvets.2019.00498
2. Sugita K et al. (2023). Pilot evaluation of a single oral fecal microbiota transplantation for canine atopic dermatitis. Scientific Reports. doi.org/10.1038/s41598-023-35565-y
3. Kirchoff NS, Udell MAR, Sharpton TJ (2019). The gut microbiome correlates with conspecific aggression in a small population of rescued dogs (Canis familiaris). PeerJ. doi.org/10.7717/peerj.6103
4. Mondo E et al. (2020). Gut microbiome structure and adrenocortical activity in dogs with aggressive and phobic behavioral disorders. Heliyon. doi.org/10.1016/j.heliyon.2020.e03311
5. Pilla R et al. (2020). Effects of metronidazole on the fecal microbiome and metabolome in healthy dogs. Journal of Veterinary Internal Medicine. doi.org/10.1111/jvim.15871
6. Herstad KMV et al. (2017). A diet change from dry food to beef induces reversible changes on the faecal microbiota in healthy, adult client-owned dogs. BMC Veterinary Research. doi.org/10.1186/s12917-017-1073-9
7. Coelho LP et al. (2018). Similarity of the dog and human gut microbiomes in gene content and response to diet. Microbiome. doi.org/10.1186/s40168-018-0450-3
8. Kubinyi E et al. (2020). Gut Microbiome Composition is Associated with Age and Memory Performance in Pet Dogs. Animals. doi.org/10.3390/ani10091488
9. AlShawaqfeh MK et al. (2017). A dysbiosis index to assess microbial changes in fecal samples of dogs with chronic inflammatory enteropathy. FEMS Microbiology Ecology. doi.org/10.1093/femsec/fix136
10. Guard BC et al. (2015). Characterization of microbial dysbiosis and metabolomic changes in dogs with acute diarrhea. PLoS ONE. doi.org/10.1371/journal.pone.0127259
11. Balouei F et al. (2023). Factors Affecting Gut Microbiota of Puppies from Birth to Weaning. Animals. doi.org/10.3390/ani13040578
12. Masuoka H et al. (2017). Transition of the intestinal microbiota of dogs with age. Bioscience of Microbiota, Food and Health. doi.org/10.12938/bmfh.bmfh-2016-021
13. Németh K et al. (2026). The Collaborative Collapse: Bile Acid Dysmetabolism as a Central Pathogenic Driver in Canine and Feline Multi-Systemic Disorders. Veterinary Sciences. doi.org/10.3390/vetsci13020182
14. Suchodolski JS (2021). Analysis of the gut microbiome in dogs and cats. Veterinary Clinical Pathology 50(S1):6–17. doi.org/10.1111/vcp.13031
15. Sung CH et al. (2023). Correlation between targeted qPCR assays and untargeted DNA shotgun metagenomic sequencing for assessing the fecal microbiota in dogs. Animals 13(16):2597. doi.org/10.3390/ani13162597