Microbiote du chien : ce que c’est et pourquoi il compte

Des milliards de bactéries vivent dans l’intestin de ton chien. Tu ne les vois pas, mais elles travaillent pour lui chaque jour. Les chercheurs appellent cette communauté le microbiote intestinal et parlent parfois d’un « organe invisible ».

Qu’est-ce que le microbiote intestinal ?

Le microbiote intestinal est une communauté variée de microbes, surtout des bactéries, qui vivent dans le tube digestif du chien. Ce n’est pas un mélange au hasard. Les bactéries coopèrent, se disputent la nourriture et fabriquent des substances que l’organisme du chien utilise. Il est un peu différent chez chaque chien et évolue avec l’alimentation, les médicaments et l’âge.

De quoi se compose le microbiote du chien ?

La plupart des bactéries de l’intestin du chien appartiennent à cinq embranchements : Firmicutes, Fusobacteria, Bacteroidetes, Proteobacteria et Actinobacteria (revue de Pilla et Suchodolski, 2020). Dans une étude sur 29 chiens de compagnie, les trois plus grands embranchements, Bacteroidetes, Firmicutes et Fusobacteria, représentaient chacun en moyenne plus de 20 % des bactéries (Kubinyi et al., 2020).

La composition exacte diffère d’un chien à l’autre. Deux groupes jouent un rôle particulier :

• Faecalibacterium. Il fait partie des bactéries qui produisent des acides gras à chaîne courte (Pilla et Suchodolski, 2020). Dans une étude portant sur 13 chiens sains et 13 chiens atteints de diarrhée aiguë, les chiens diarrhéiques en avaient moins (Guard et al., 2015).
• Peptacetobacter hiranonis (auparavant Clostridium hiranonis). Selon une revue, il est essentiel à la transformation des acides biliaires (Németh et al., 2026). Il fait aussi partie des sept groupes de bactéries à partir desquels on calcule, avec la quantité totale de bactéries, le Dysbiosis Index (AlShawaqfeh et al., 2017).

Où il vit et ce qu’il fait

• Gros intestinC’est là que vivent le plus de bactéries. C’est leur principal « lieu de travail ».Pilla et Suchodolski, 2020
• Acide butyriqueLes bactéries le fabriquent à partir des fibres. C’est le principal carburant des cellules du gros intestin.Pilla et Suchodolski, 2020

Le microbiote aide le chien à utiliser des aliments qu’il ne pourrait pas digérer seul et participe à ses défenses. Le système immunitaire « apprend » au contact des bactéries intestinales ce qui est normal et ce qui ne l’est pas.

Que fait le microbiote du chien ?

Les principaux rôles du microbiote intestinal du chien

Domaine	Ce que fait le microbiote
Digestion des fibres	Les bactéries décomposent les fibres que le chien ne digère pas seul et en font des acides gras à chaîne courte, par exemple l’acide butyrique (Pilla et Suchodolski, 2020).
Acides biliaires	Les bactéries transforment les acides biliaires venus du foie en leurs formes secondaires. Après le métronidazole, il y en avait moins dans les selles de chiens sains (Pilla et al., 2020).
Immunité	Les bactéries intestinales « apprennent » au système immunitaire à distinguer ce qui est normal (Pilla et Suchodolski, 2020).
Protection de l’intestin	Selon une revue, le microbiote participe à la protection contre les pathogènes, c’est-à-dire les bactéries capables de causer des troubles (Pilla et Suchodolski, 2020).

En quoi le microbiote du chien diffère-t-il de celui de l’humain ?

Le microbiote du chien ressemble plus à celui de l’humain qu’à celui du porc ou de la souris. C’est ce qui ressort du travail de Coelho et al. (2018), qui a comparé les métagénomes intestinaux de chiens, d’humains, de souris et de porcs et dressé un catalogue de 1 247 405 gènes du microbiote canin.

La réaction à l’alimentation était elle aussi similaire. Dans la même étude, deux régimes différents ont eu sur le microbiote des chiens un effet important et reproductible, quels que soient la race ou le sexe, et les réponses correspondaient à celles d’études antérieures chez l’humain. Chez les chiens en surpoids, les changements après un régime riche en protéines étaient plus marqués que chez les chiens minces.

Le chien n’est pourtant pas un petit humain, et ce qui marche chez l’humain ne marche pas forcément chez lui. Ne transpose donc pas sans vérification les données humaines à ton chien.

Intestin, peau et comportement

La recherche sur le microbiote canin progresse vite, et les premières études suggèrent que l’intestin est lié à d’autres parties du corps :

• Peau. Dans une petite étude pilote, les chiens atteints de dermatite atopique (12 chiens) avaient une composition de bactéries intestinales différente de celle des chiens sains (20 chiens), ce qui suggère un lien entre l’intestin et la peau (Sugita et al., 2023). Chez certains chiens, les troubles cutanés pourraient aussi être liés à l’intestin. Mais seul le vétérinaire peut déterminer la cause des démangeaisons.
• Comportement. Dans deux petites études (31 et 42 chiens), les chiens agressifs ou peureux avaient une composition de bactéries intestinales différente de celle des chiens sans ces troubles (Kirchoff et al., 2019 ; Mondo et al., 2020). Il s’agit d’une association, pas de la preuve que les bactéries causent le comportement. Sur ce point, la recherche n’en est qu’à ses débuts.

Qu’est-ce que la dysbiose et le Dysbiosis Index ?

La dysbiose est un déséquilibre des bactéries intestinales : la composition du microbiote change, et avec elle les substances que les bactéries fabriquent (Pilla et Suchodolski, 2020). Ce n’est pas une maladie à part entière. L’article Dysbiose chez le chien lui est consacré en détail.

Le Dysbiosis Index est un calcul de laboratoire qui exprime en un seul chiffre le degré de dysbiose à partir d’un échantillon de selles. Il repose sur la quantité totale de bactéries et sept groupes de bactéries, dont Faecalibacterium, Fusobacterium et Peptacetobacter hiranonis. Dans le travail d’AlShawaqfeh et al. (2017), portant sur 95 chiens sains et 106 chiens atteints d’une maladie inflammatoire chronique de l’intestin, cet indice distinguait les deux groupes avec une sensibilité de 74 % et une spécificité de 95 %. Une valeur négative indique un état normal, une valeur positive une dysbiose.

Le test n’explique pas pourquoi le microbiote est modifié et ne remplace pas un examen. Ce que tu peux attendre d’une analyse, et ce que tu ne peux pas en attendre, tu le trouveras dans l’article Test du microbiote du chien : ce que montrent les selles.

Comment savoir si le microbiote du chien est déséquilibré ?

À la maison, on ne peut pas le savoir de façon fiable. Le microbiote ne se voit pas, tu ne vois que ce qui se passe autour. Dans les études, une dysbiose a été trouvée chez des chiens atteints de diarrhée aiguë (Guard et al., 2015), dans les maladies intestinales chroniques et après des antibiotiques (Pilla et Suchodolski, 2020). C’est pourquoi ces symptômes digestifs lui sont associés :

• Selles molles ou diarrhée qui reviennent ou ne passent pas. L’article Selles du chien : couleur, forme et consistance décryptées explique comment lire les selles.
• Alternance de selles dures et liquides, mucus ou odeur modifiée des selles.
• Gaz et gargouillis dans le ventre, surtout quand ils apparaissent après des antibiotiques ou un changement d’alimentation.
• Vomissements, appétit plus faible ou perte de poids, qui relèvent directement du vétérinaire.

Attention : rien de tout cela ne prouve une dysbiose. Les mêmes symptômes peuvent être causés par des parasites, une intolérance alimentaire ou une inflammation du pancréas, et à la maison personne ne peut les distinguer d’une dysbiose. La cause est déterminée par le vétérinaire. Ce qu’il faut faire en cas de diarrhée est résumé dans l’article Diarrhée chez le chien : que faire et quand consulter, et tu trouveras une vue d’ensemble plus large dans l’article Troubles digestifs du chien : symptômes, causes, que faire.

Microbiote équilibré ou dysbiose : ce qui change dans les études

Indicateur	Équilibré	En cas de dysbiose
Diversité	Une communauté variée de bactéries.	Richesse et diversité des bactéries plus faibles chez les chiens atteints de diarrhée aiguë (Guard et al., 2015) et de maladie intestinale chronique (Pilla et Suchodolski, 2020).
Peptacetobacter hiranonis (anciennement Clostridium hiranonis)	La principale bactérie qui, dans l’intestin du chien, transforme les acides biliaires primaires en acides secondaires.	Diminue. Entre 50 et 60 % des chiens atteints de maladie intestinale chronique ont cette bactérie en quantité réduite (Suchodolski, 2021).
Acides biliaires secondaires	Formés par la transformation des acides primaires, ils aident à maintenir sous contrôle certaines bactéries indésirables.	Ils sont moins nombreux quand P. hiranonis diminue (Suchodolski, 2021). Après 14 jours de métronidazole, il y en avait moins dans les selles de chiens sains (Pilla et al., 2020).
Faecalibacterium et Fusobacterium	Habituellement présentes.	Diminuent en général (Suchodolski, 2021). Chez les chiens atteints de diarrhée aiguë, il y avait moins de Faecalibacterium (Guard et al., 2015).
E. coli et Streptococcus	Petite part, composante normale de l’intestin.	La part augmente en général (Suchodolski, 2021). C’est la proportion qui compte, pas la simple présence.
Dysbiosis Index	Un nombre négatif.	Une valeur supérieure à 2 est aujourd’hui considérée comme une dysbiose, et les valeurs de 0 à 2 sont limites et indiquent un léger décalage (Suchodolski, 2021).

Le tableau non plus n’est pas un guide de diagnostic. Le Dysbiosis Index ne pose pas de diagnostic : dans une étude plus large, environ 36 % de 146 chiens atteints de maladie intestinale chronique avaient une valeur normale (Sung et al., 2023). Le chiffre montre l’état des bactéries, pas leur cause.

Comment l’alimentation et l’âge modifient-ils le microbiote du chien ?

L’alimentation modifie vite et nettement la composition du microbiote canin. Chez 11 chiens adultes en bonne santé, le passage progressif de croquettes à une alimentation riche en bœuf haché cuit a modifié la composition des bactéries dans les selles. Après le retour aux croquettes, la composition est en grande partie revenue à l’état initial (Herstad et al., 2017). C’est pourquoi la stabilité et les changements progressifs comptent, comme nous l’expliquons dans l’article Changer la nourriture du chien : plan sur 7 à 10 jours. Les fibres, principale « nourriture » des bactéries intestinales, ont leur propre article : Fibres pour chien : à quoi elles servent et quand en ajouter.

L’âge joue aussi un rôle :

• Chiots. Autour du sevrage, avec le passage du lait à l’alimentation solide, le microbiote des chiots se rapproche peu à peu de celui des adultes. Les changements se poursuivent toutefois jusqu’à l’âge adulte (revue de Balouei et al., 2023).
• Seniors. Dans une étude sur 29 chiens de compagnie, les chiens plus âgés avaient une proportion plus faible de Fusobacteria (Kubinyi et al., 2020), mais il s’agissait d’une petite étude transversale. Une autre étude, fondée sur la culture des bactéries des selles, a décrit une tendance des lactobacilles à diminuer chez les chiens âgés (Masuoka et al., 2017).

Ce qui perturbe le microbiote

1. Les antibiotiques. Ils touchent aussi les « bonnes » bactéries, et l’intestin peut ensuite mettre plusieurs semaines à se rétablir. Après 14 jours de métronidazole chez des chiens sains, certains changements, par exemple la baisse des Fusobacteria, ne s’étaient pas complètement résorbés quatre semaines après l’arrêt (Pilla et al., 2020). Les antibiotiques sont souvent indispensables : donne-les donc toujours exactement selon les consignes du vétérinaire. Plus de détails dans l’article Chien après antibiotiques : soutenir son ventre.
2. Un changement brutal d’alimentation. Si tu changes la nourriture du jour au lendemain, les bactéries doivent s’adapter très vite. Une étude sur des chiens sains a montré qu’un changement de régime modifie la composition des bactéries dans les selles, même lorsqu’il est progressif (Herstad et al., 2017). Fais la transition vers une nouvelle nourriture progressivement, sur plusieurs jours.
3. Les maladies intestinales. Dans les maladies intestinales chroniques, la composition des bactéries est souvent modifiée. Dans ce cas, le chien relève du vétérinaire.

Que peux-tu faire pour le microbiote de ton chien ?

À la maison, tu peux surtout faire ceci pour le microbiote de ton chien : garder une alimentation stable et de qualité, la changer progressivement, ne pas traiter les troubles de ton propre chef et surveiller ses selles.

• Une alimentation stable. Si elle convient à ton chien, ne la change pas sans raison.
• Des changements progressifs. Mélange la nouvelle nourriture par petites quantités, pas du jour au lendemain. Le mode d’emploi est dans l’article Changer la nourriture du chien : plan sur 7 à 10 jours.
• Des antibiotiques uniquement sur avis du vétérinaire. Ne les donne pas « au cas où » et ne les arrête jamais sans l’avis du vétérinaire.
• Des compléments seulement après avis. C’est le vétérinaire qui décide si un probiotique est utile. Tu trouveras un aperçu dans l’article Probiotiques pour chien : ce que c’est et comment choisir.
• Observe les selles. C’est l’indicateur le moins coûteux pour savoir ce qui se passe dans l’intestin. Pour apprendre à les lire, consulte Selles du chien : couleur, forme et consistance décryptées.

Si les troubles digestifs ou les démangeaisons reviennent, prends rendez-vous chez le vétérinaire, même si rien n’est urgent. Le microbiote n’est qu’une pièce du puzzle, et les causes peuvent être multiples. Pour des selles qui restent molles, lis l’article Selles molles chez le chien : causes et que faire.

Comment connaître le microbiote de ton chien

La composition du microbiote peut être déterminée à partir d’un échantillon de selles. L’analyse montre quelles bactéries vivent dans l’intestin et en quoi leur composition s’écarte de la normale. Ce que tu peux attendre d’un tel test, et ce que tu ne peux pas en attendre, tu le trouveras dans l’article Test du microbiote du chien : ce que montrent les selles.

Questions fréquentes

Qu’est-ce que le microbiote du chien ?

Le microbiote du chien est la communauté de bactéries et d’autres microbes qui vivent dans son tube digestif, surtout dans le gros intestin. Il aide à digérer les fibres, transforme les acides biliaires en leurs formes secondaires et fait partie des défenses de l’organisme. Il est un peu différent chez chaque chien et évolue avec l’alimentation, les médicaments et l’âge.

Où vivent le plus de bactéries dans le corps du chien ?

Dans le gros intestin. Le nombre et la diversité des bactéries augmentent le long du tube digestif à partir de l’estomac, et dans le gros intestin dominent les bactéries qui n’ont pas besoin d’oxygène. À partir des fibres, elles y fabriquent des acides gras à chaîne courte, par exemple l’acide butyrique, que les cellules du gros intestin utilisent comme principale source d’énergie.

Qu’est-ce qui perturbe le microbiote du chien ?

Le plus souvent, les antibiotiques, un changement brutal d’alimentation et les maladies intestinales. Dans une étude sur des chiens sains, certains changements restaient visibles quatre semaines après l’arrêt du métronidazole. Les antibiotiques sont pourtant souvent indispensables : donne-les donc toujours exactement selon les consignes du vétérinaire. Change l’alimentation progressivement et fais examiner les troubles qui reviennent.

Quelles bactéries vivent dans l’intestin du chien ?

La plupart appartiennent à cinq embranchements : Firmicutes, Fusobacteria, Bacteroidetes, Proteobacteria et Actinobacteria. Dans une étude sur 29 chiens de compagnie, les Bacteroidetes, les Firmicutes et les Fusobacteria représentaient chacun en moyenne plus d’un cinquième des bactéries. La composition exacte diffère d’un chien à l’autre et évolue avec l’alimentation, l’âge et les médicaments.

Le microbiote du chien ressemble-t-il à celui de l’humain ?

Par son contenu en gènes, il est plus proche de celui de l’humain que de celui du porc ou de la souris. Selon une étude de 2018, il réagissait aux changements d’alimentation comme l’avaient décrit des études antérieures chez l’humain. Mais c’est une autre espèce, et ce qui vaut pour l’humain ne vaut pas forcément pour le chien. Ne transpose donc pas ces données sans vérification.

Qu’est-ce que la dysbiose chez le chien ?

La dysbiose est un déséquilibre des bactéries intestinales, avec un changement de la composition du microbiote et des substances que les bactéries fabriquent. Ce n’est pas une maladie à part entière, mais un état qui accompagne de nombreux troubles digestifs. Un laboratoire peut l’exprimer par le Dysbiosis Index, dont une valeur négative indique un état normal. Mais seul le vétérinaire peut en déterminer la cause.

Peut-on rétablir le microbiote du chien ?

Personne ne peut te le garantir. Une fois le facteur perturbateur écarté, la composition revient souvent vers l’état d’origine, mais pas toujours et différemment selon chaque chien. Après le retour aux croquettes, les changements dus au changement d’alimentation se sont en grande partie résorbés (Herstad et al., 2017), mais après le métronidazole, certains changements persistaient encore au bout de quatre semaines (Pilla et al., 2020). Les repères solides, ce sont une alimentation stable et le vétérinaire.

Sources

1. Pilla R, Suchodolski JS (2020). The Role of the Canine Gut Microbiome and Metabolome in Health and Gastrointestinal Disease. Frontiers in Veterinary Science. doi.org/10.3389/fvets.2019.00498
2. Sugita K et al. (2023). Pilot evaluation of a single oral fecal microbiota transplantation for canine atopic dermatitis. Scientific Reports. doi.org/10.1038/s41598-023-35565-y
3. Kirchoff NS, Udell MAR, Sharpton TJ (2019). The gut microbiome correlates with conspecific aggression in a small population of rescued dogs (Canis familiaris). PeerJ. doi.org/10.7717/peerj.6103
4. Mondo E et al. (2020). Gut microbiome structure and adrenocortical activity in dogs with aggressive and phobic behavioral disorders. Heliyon. doi.org/10.1016/j.heliyon.2020.e03311
5. Pilla R et al. (2020). Effects of metronidazole on the fecal microbiome and metabolome in healthy dogs. Journal of Veterinary Internal Medicine. doi.org/10.1111/jvim.15871
6. Herstad KMV et al. (2017). A diet change from dry food to beef induces reversible changes on the faecal microbiota in healthy, adult client-owned dogs. BMC Veterinary Research. doi.org/10.1186/s12917-017-1073-9
7. Coelho LP et al. (2018). Similarity of the dog and human gut microbiomes in gene content and response to diet. Microbiome. doi.org/10.1186/s40168-018-0450-3
8. Kubinyi E et al. (2020). Gut Microbiome Composition is Associated with Age and Memory Performance in Pet Dogs. Animals. doi.org/10.3390/ani10091488
9. AlShawaqfeh MK et al. (2017). A dysbiosis index to assess microbial changes in fecal samples of dogs with chronic inflammatory enteropathy. FEMS Microbiology Ecology. doi.org/10.1093/femsec/fix136
10. Guard BC et al. (2015). Characterization of microbial dysbiosis and metabolomic changes in dogs with acute diarrhea. PLoS ONE. doi.org/10.1371/journal.pone.0127259
11. Balouei F et al. (2023). Factors Affecting Gut Microbiota of Puppies from Birth to Weaning. Animals. doi.org/10.3390/ani13040578
12. Masuoka H et al. (2017). Transition of the intestinal microbiota of dogs with age. Bioscience of Microbiota, Food and Health. doi.org/10.12938/bmfh.bmfh-2016-021
13. Németh K et al. (2026). The Collaborative Collapse: Bile Acid Dysmetabolism as a Central Pathogenic Driver in Canine and Feline Multi-Systemic Disorders. Veterinary Sciences. doi.org/10.3390/vetsci13020182
14. Suchodolski JS (2021). Analysis of the gut microbiome in dogs and cats. Veterinary Clinical Pathology 50(S1):6–17. doi.org/10.1111/vcp.13031
15. Sung CH et al. (2023). Correlation between targeted qPCR assays and untargeted DNA shotgun metagenomic sequencing for assessing the fecal microbiota in dogs. Animals 13(16):2597. doi.org/10.3390/ani13162597