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Pourquoi chaque chien a un microbiote différent
Chaque chien a son microbiote, modelé par l’âge, l’alimentation, l’origine, les médicaments. Sur 35 chiens, 39 % des écarts venaient du chien. Études 2018–2026.
Tu as deux chiens à la maison, la même nourriture, la même promenade. L’un reste indifférent à une nouvelle friandise, l’autre a le lendemain des selles pâteuses. Une explication possible se trouve dans l’intestin : les bactéries qui y vivent diffèrent d’un chien à l’autre. En 2026 sont parues deux grandes études qui montrent à quel point, et tout ce que la science ignore encore.
- Le microbiote intestinal du chien est la communauté de bactéries présente dans son intestin, et chaque chien a une composition légèrement différente.
- Dans une étude sur 35 chiens sains, 39 % des différences entre échantillons de selles s’expliquaient par le chien dont il s’agissait (Rojas et al., 2026).
- La composition est façonnée par l’âge, l’alimentation, l’origine, l’environnement et les médicaments, mais la solidité des preuves varie selon chacun de ces facteurs.
- Dans une étude sur 922 chiens, la diversité bactérienne diminuait avec l’âge et les chiens se ressemblaient de moins en moins (Bamberger et al., 2026).
- Un test du microbiote décrit la composition le jour du prélèvement, ne diagnostique aucune maladie et ne remplace pas le vétérinaire.
En quoi le microbiote d’un chien diffère-t-il de celui d’un autre ?
Le microbiote intestinal du chien est la communauté de bactéries et d’autres micro-organismes qui vivent dans l’intestin du chien et participent à la digestion. Chaque chien a sa propre composition, mais il partage une partie de cette communauté avec les autres chiens.
Une étude de 2026 a suivi 35 chiens sains, dont les propriétaires ont prélevé un échantillon de selles environ une fois par mois pendant un à deux ans. Environ 39 % des différences entre échantillons s’expliquaient par le chien dont il s’agissait (Rojas et al., 2026). Un chien a donc une « signature » reconnaissable. Mais elle n’est pas figée : le microbiote de 34 chiens sur 35 fluctuait au fil du temps, alors que les chiens étaient en bonne santé tout du long.
- 39 %des différences entre les échantillons de selles de 35 chiens sains s’expliquaient par le chien dont il s’agissait.Rojas et al., 2026
- 240 espècesforment le noyau commun qui, dans un jeu de données indépendant, représentait plus de 80 % du microbiote intestinal du chien.Castillo-Fernandez et al., 2026
- jusqu’à 95 %de l’ADN des selles de chien ont pu être attribués à des bactéries avec le nouveau catalogue, contre environ 25 % seulement avec les bases de données publiques.Castillo-Fernandez et al., 2026
- 922 chiensdans l’étude américaine qui a examiné l’effet de l’âge et du mode de vie chez des chiens de 8 mois à 18 ans.Bamberger et al., 2026
Que sait la science des bactéries intestinales du chien ?
Il n’y a pas si longtemps, les chercheurs ne parvenaient, à l’aide des bases de données publiques de génomes bactériens, à attribuer à une bactérie connue qu’environ un quart de l’ADN des selles de chien. Le reste appartenait à des bactéries que personne ne savait nommer. Les différences entre chiens n’étaient donc mesurées que de façon approximative.
En janvier 2026, un nouveau catalogue canin est paru dans la revue Microbiome. Les auteurs ont séquencé l’ADN de 501 échantillons de selles de 107 chiens sains des États-Unis et d’Europe et ont trouvé 89 espèces encore inconnues et 10 nouveaux genres de bactéries. Grâce à cela, la part d’ADN attribué a atteint jusqu’à 95 %, contre environ 25 % auparavant (Castillo-Fernandez et al., 2026). L’intestin du chien n’est donc pas une version réduite de l’intestin humain : nous l’avons simplement regardé longtemps avec des lunettes humaines.
Qu’est-ce qui façonne le microbiote du chien ?
La composition du microbiote du chien est façonnée par l’âge, l’alimentation, l’origine, l’environnement et les médicaments. Les facteurs ne sont toutefois pas tous aussi bien documentés, c’est pourquoi le tableau est classé selon la solidité des preuves.
| Facteur | Ce qu’a montré l’étude chez le chien | Solidité des preuves |
|---|---|---|
| Alimentation | Deux aliments avec une proportion différente de protéines et de glucides ont modifié la composition du microbiote chez 64 chiens de deux races en 4 semaines, quels que soient la race et le sexe (Coelho et al., 2018) | Bonne (groupes répartis au hasard) |
| Médicaments | Dans une étude sur 24 chiens sains, 16 d’entre eux ont reçu pendant 14 jours l’antibiotique métronidazole. La composition du microbiote a changé et n’était pas complètement revenue à la normale 4 semaines après l’arrêt (Pilla et al., 2020) | Moyenne (petite étude contrôlée sans répartition au hasard) |
| Âge | Chez 922 chiens, la diversité diminuait avec l’âge et les chiens se ressemblaient moins (Bamberger et al., 2026) | Moyenne (différents chiens à un instant donné) |
| Origine et portée | Les frères et sœurs d’une même portée avaient un microbiote plus semblable que des chiens non apparentés, surtout à 7 semaines, quand ils vivaient encore ensemble (Vilson et al., 2018) | Moyenne (une seule race, 168 chiens) |
| Lieu de vie | Les chiens des grandes villes avaient une diversité plus élevée que les chiens de la campagne (Vilson et al., 2018) | Plus faible (une seule race, raison inconnue) |
| Temps et saison | Le microbiote des chiens sains fluctue au fil du temps, certaines bactéries présentent des variations saisonnières (Rojas et al., 2026) | Moyenne (35 chiens) |
Le tableau permet de retenir une chose pratique : deux chiens peuvent réagir différemment à la même nourriture ou à la même friandise, et l’une des raisons possibles est un microbiote différent. Mais si les troubles durent ou reviennent, demande conseil au vétérinaire. Pour savoir comment gérer en douceur un changement d’alimentation, lis l’article Changer la nourriture du chien : plan sur 7 à 10 jours, et pour l’effet d’un traitement sur l’intestin, l’article Chien après antibiotiques : soutenir son ventre.
Comment le microbiote change-t-il du chiot au chien âgé ?
Le microbiote du chien change avec l’âge : chez le chiot il se développe rapidement, chez l’adulte il continue de fluctuer, et chez le chien âgé il est moins diversifié et plus individuel. Les études le montrent pour les trois périodes, mais chacune a ses propres limites.
- Chiot. Une revue de 2022 indique que la composition des bactéries intestinales change rapidement au début du développement et que les bactéries importantes colonisent l’intestin progressivement, jusqu’à ce que le chiot devienne adulte (Garrigues et al., 2022). Dans une étude sur 168 bergers allemands, un chiot de 7 semaines ressemblait davantage à sa mère qu’à une chienne non apparentée (en comparant avec des échantillons de chiennes prélevés 7 semaines après la mise bas, et non à la mise bas), et les frères et sœurs d’une même portée se ressemblaient plus que des chiens non apparentés. Entre 7 semaines et 15 à 18 mois, la diversité comme la composition ont continué de changer (Vilson et al., 2018).
- Chien adulte. Même chez le chien adulte, la composition ne se fige pas. Chez 35 chiens sains, elle fluctuait d’un mois à l’autre et certaines bactéries suivaient des schémas saisonniers (Rojas et al., 2026). Dans l’étude américaine de chiens de 8 mois à 18 ans, la composition évoluait progressivement avec l’âge (Bamberger et al., 2026).
- Chien âgé. Avec l’âge, la diversité des bactéries diminuait et le microbiote du chien différait davantage de celui des autres chiens (Bamberger et al., 2026). Une étude japonaise plus ancienne, qui cultivait les bactéries en laboratoire, a constaté que le nombre et la présence des lactobacilles avaient tendance à diminuer avec l’âge (Masuoka et al., 2017).
Qu’est-ce que cela implique pour ton chien ?
Le fait que chaque microbiote soit différent appelle surtout à la patience : cela n’a pas de sens de comparer ton chien à celui d’un autre, et il faut faire les changements lentement. Essaie ces quatre étapes.
- Ne compare pas. Ce qui réussit au chien de la rue voisine ne réussira pas forcément au tien. La différence ne veut pas dire que tu fais quelque chose de travers.
- Change progressivement. Introduis la nouvelle nourriture et les friandises par étapes, pour que l’intestin ait le temps de s’adapter.
- Prends des notes. Un court journal des selles, des repas et des friandises te montrera au bout de quelques semaines à quoi ton chien réagit. Pour savoir comment lire les selles, lis l’article Selles du chien : couleur, forme et consistance décryptées.
- Tiens compte de l’âge. Quand ton chien passe de chiot à adulte, puis plus tard à chien âgé, demande conseil au vétérinaire sur l’alimentation et sur ce qu’il faut surveiller.
Que ne sait toujours pas la science sur le microbiote du chien ?
La science ne sait pas encore dire quelle composition est la bonne pour un chien en particulier. Nous savons que les chiens diffèrent, mais pas ce qui relève d’un écart sain et ce qui est un signal d’alerte.
- Ce qui est « normal » pour un chien donné. Les études comparent des groupes de chiens. Pour un chien pris individuellement, il n’existe pas de limite claire.
- Pourquoi les chiens diffèrent. Dans les études, l’âge, l’alimentation ou le lieu de vie sont associés au microbiote, mais la cause n’est souvent pas établie.
- Si le choix de probiotiques selon la composition fonctionne mieux. Une efficacité supérieure de probiotiques choisis selon le microbiote par rapport aux probiotiques courants n’est pour l’instant pas démontrée de façon fiable.
Questions fréquentes
Chaque chien a-t-il un microbiote différent ?
Oui, chaque chien a une composition légèrement différente de bactéries intestinales, mais il partage une partie de cette communauté avec les autres chiens. Dans une étude sur 35 chiens sains, 39 % des différences entre échantillons s’expliquaient par le chien dont il s’agissait (Rojas et al., 2026). De plus, chez un même chien, le microbiote change au fil du temps.
Les frères et sœurs d’une même portée ont-ils le même microbiote ?
Non, seulement un microbiote plus semblable. Dans une étude sur 168 bergers allemands issus de 30 portées, les frères et sœurs d’une même portée avaient une composition de bactéries dans les selles plus proche que des chiens non apparentés, mais pas identique. Ils se ressemblaient le plus à 7 semaines, quand ils vivaient encore ensemble. Des changements se sont aussi produits entre 7 semaines et 15 à 18 mois de vie (Vilson et al., 2018).
Le microbiote du chien change-t-il avec l’âge ?
Oui. Dans une étude sur 922 chiens de 8 mois à 18 ans, la diversité bactérienne diminuait avec l’âge et les chiens se ressemblaient moins (Bamberger et al., 2026). L’étude comparait toutefois différents chiens à un instant donné, et non les mêmes chiens tout au long de leur vie.
L’alimentation peut-elle modifier le microbiote du chien ?
Oui. Dans une étude sur 64 chiens de deux races, deux aliments avec une proportion différente de protéines et de glucides ont modifié la composition du microbiote en 4 semaines, quels que soient la race et le sexe. Chez les chiens en surpoids, les changements étaient plus importants après l’aliment riche en protéines (Coelho et al., 2018).
Le microbiote du chien est-il le même que celui de l’humain ?
Non. Le microbiote du chien ressemble plus à celui de l’humain qu’à celui du porc ou de la souris (Coelho et al., 2018), mais il est bien distinct. Le nouveau catalogue de 2026 a décrit 89 espèces de bactéries encore inconnues dans l’intestin du chien et a fait passer la part d’ADN attribué d’environ 25 % à 95 % (Castillo-Fernandez et al., 2026).
Peut-on mesurer le microbiote de ton chien ?
Oui, à partir d’un échantillon de selles fraîches. Le laboratoire décrit quelles bactéries vivent dans l’intestin le jour du prélèvement. Comme le microbiote d’un chien sain fluctue au fil du temps, une seule analyse ne saisit qu’un instant (Rojas et al., 2026). Le résultat ne pose pas de diagnostic et ne remplace pas le vétérinaire, c’est une base de discussion avec lui.
Sources
- Rojas CA et al. (2026). Temporal variability is an inherent feature of the healthy canine microbiome assessed by full-length 16S rRNA gene sequencing. Animal Microbiome. doi.org/10.1186/s42523-026-00546-9
- Castillo-Fernandez J et al. (2026). Waltham catalogue for the canine gut microbiome: a complete taxonomic and functional catalogue of the canine gut microbiome through novel metagenomic based genome discovery. Microbiome. doi.org/10.1186/s40168-025-02265-w
- Bamberger T et al. (2026). Mapping the canine gut microbiome: insights from the Dog Aging Project. Nature Communications. doi.org/10.1038/s41467-026-73193-y
- Vilson Å et al. (2018). Disentangling factors that shape the gut microbiota in German Shepherd dogs. PLOS ONE. doi.org/10.1371/journal.pone.0193507
- Garrigues Q et al. (2022). Gut microbiota development in the growing dog: A dynamic process influenced by maternal, environmental and host factors. Frontiers in Veterinary Science. doi.org/10.3389/fvets.2022.964649
- Masuoka H et al. (2017). Transition of the intestinal microbiota of dogs with age. Bioscience of Microbiota, Food and Health. doi.org/10.12938/bmfh.bmfh-2016-021
- Coelho LP et al. (2018). Similarity of the dog and human gut microbiomes in gene content and response to diet. Microbiome. doi.org/10.1186/s40168-018-0450-3
- Pilla R et al. (2020). Effects of metronidazole on the fecal microbiome and metabolome in healthy dogs. Journal of Veterinary Internal Medicine. doi.org/10.1111/jvim.15871
Cet article est à visée éducative et ne remplace pas un examen vétérinaire. Si tu as un doute, demande conseil à ton vétérinaire.
L’article a été relu avec l’aide de l’IA. Il s’agit d’une traduction du tchèque, elle peut donc contenir des imprécisions.