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Analyse du microbiote du chien : ce que montre le résultat
Le test de microbiote du chien montre les bactéries des selles, pas un diagnostic. Comment le choisir, le préparer et lire le résultat avec le vétérinaire.
Le test du microbiote du chien est aujourd’hui à la portée de presque tout le monde : tu envoies un échantillon de selles par la poste et, quelques semaines plus tard, tu reçois un rapport plein de noms latins. Avant de te lancer, mieux vaut savoir ce que tu pourras en tirer. Sans rien cacher, y compris ce que l’analyse ne sait pas faire.
- Le test du microbiote réalisé sur les selles du chien montre quelles bactéries vivent dans l’intestin et si leur composition diffère de celle des chiens sains.
- Le résultat ne pose pas de diagnostic et ne remplace pas le vétérinaire : c’est une base de discussion avec lui.
- Les laboratoires utilisent trois méthodes principales (séquençage de l’ARNr 16S, métagénomique shotgun et qPCR avec Dysbiosis Index), dont les résultats ne se comparent pas simplement.
- Avant le prélèvement, parle au laboratoire et au vétérinaire des antibiotiques, des probiotiques et d’un éventuel changement d’alimentation, car ils influencent le résultat.
- Au moment de choisir un test, vérifie la méthode, la comparaison avec des chiens sains, qui t’explique le résultat et si le test ne prétend pas poser un diagnostic. Un résultat est de plus un instantané d’une journée : suis donc l’évolution dans le même laboratoire.
Ce que montre l’analyse
L’analyse des selles décrit la composition des bactéries intestinales du chien le jour du prélèvement. C’est une base utile pour discuter avec le vétérinaire.
- Qui vit dans l’intestin. Quelles bactéries sont présentes, quelle est la diversité de leur communauté et de quoi elles pourraient être capables.
- L’écart par rapport à la composition habituelle. C’est ce qu’on appelle la dysbiose. Les vétérinaires utilisent pour cela, par exemple, le Dysbiosis Index, qui mesure la quantité totale de bactéries et 7 groupes clés, puis compare ces valeurs à celles de chiens sains.
- Comment le microbiote évolue dans le temps. Des mesures répétées montrent l’évolution, par exemple après un changement d’alimentation ou un traitement.
Ce que l’analyse ne montre pas
- Un diagnostic. La dysbiose est une piste, pas une maladie. Plusieurs causes peuvent entraîner des changements semblables.
- Un substitut au vétérinaire. Le résultat n’a de sens que s’il est interprété avec les symptômes et les autres examens.
- Les parasites. Le test de microbiote n’est pas conçu pour chercher des parasites. Pour les œufs et les kystes, on utilise l’examen des selles, et pour Giardia aussi un test réalisé à partir d’un échantillon de selles (Merck Veterinary Manual).
- Une comparaison facile entre laboratoires. Les méthodes de séquençage ne sont pas encore uniformisées : les résultats de deux laboratoires différents ne se comparent donc pas simplement.
Quelles méthodes les laboratoires utilisent-ils ?
Les laboratoires analysent le plus souvent les selles du chien de trois façons : séquençage du gène de l’ARNr 16S, métagénomique shotgun et PCR quantitative (qPCR) avec Dysbiosis Index. Elles diffèrent par la profondeur du regard et par ce à quoi le résultat est comparé.
Le séquençage de l’ARNr 16S ne lit chez chaque bactérie qu’un seul gène commun, une sorte de « nom sur la sonnette ». La métagénomique shotgun lit tout l’ADN de l’échantillon. La qPCR ne cherche pas toutes les bactéries : elle compte seulement des groupes choisis à l’avance.
| Méthode | Ce qu’elle mesure | Point fort | Limite |
|---|---|---|---|
| Séquençage de l’ARNr 16S | Un gène de toutes les bactéries, avec pour résultat une liste de bactéries et leur abondance relative | Large vue d’ensemble | Les procédures ne sont pas harmonisées, et elle voit surtout les bactéries les plus fréquentes |
| Métagénomique shotgun | Tout l’ADN de l’échantillon, donc les bactéries et leurs gènes | Voit aussi les bactéries plus rares et les fonctions possibles | Plus chère, elle aussi sans procédures uniformes |
| qPCR avec Dysbiosis Index | La quantité totale de bactéries et 7 groupes choisis, avec un seul chiffre pour résultat | Dispose d’une plage de référence de chiens sains | Ne montre pas les bactéries hors des groupes choisis |
Selon une revue sur l’analyse du microbiote canin, les méthodes diffèrent par ce qu’elles peuvent détecter (Suchodolski, 2021). De même, sur l’intestin de poulet (données non issues de chiens), le séquençage 16S n’a détecté qu’une partie de la communauté révélée par la métagénomique shotgun, surtout pour les bactéries peu abondantes (Durazzi et al., 2021). Le Dysbiosis Index, lui, est validé directement sur des chiens : dans un travail portant sur des échantillons de 95 chiens sains et de 106 chiens atteints d’une maladie inflammatoire chronique de l’intestin, il a correctement identifié 95 % des chiens sains et 74 % des chiens malades (AlShawaqfeh et al., 2017).
Que signifient les termes du résultat ?
Le rapport du laboratoire contient généralement la diversité, l’abondance relative et l’évaluation de la dysbiose. Chacun de ces termes a un sens différent, et un chiffre isolé, sans contexte, ne dit rien.
- La diversité indique combien de bactéries différentes vivent dans l’intestin et dans quelle mesure elles sont réparties de façon équilibrée. Un chiffre plus élevé ne signifie pas à lui seul une meilleure santé. Chez des chiens sains, la richesse des bactéries intestinales a nettement diminué après 14 jours de métronidazole (un antibiotique) (Pilla et al., 2020).
- L’abondance relative est la part d’une bactérie dans le total, par exemple 12 %. Elle ne dit pas combien de bactéries il y a exactement dans l’intestin, seulement quelle part du tout elles représentent. Quand un groupe augmente, la part des autres baisse automatiquement.
- La dysbiose est un déséquilibre des bactéries intestinales, dans lequel la composition ou la fonction de la communauté change par rapport aux chiens sains (Suchodolski, 2021). C’est la description d’un état, pas un diagnostic ni la preuve d’une maladie.
- Le Dysbiosis Index résume le résultat de la qPCR en un seul chiffre : une valeur négative indique une composition habituelle, une valeur positive une dysbiose (AlShawaqfeh et al., 2017).
Quand le test a-t-il du sens ?
- Les troubles digestifs reviennent. Les selles sont molles à répétition et tu cherches déjà la cause avec le vétérinaire. Le résultat lui donnera une base de plus. Tu en trouveras davantage dans les articles Selles du chien : couleur, forme et consistance décryptées et Selles molles chez le chien : causes et que faire.
- Après des antibiotiques. Tu veux savoir comment l’intestin se rétablit après le traitement. Voir Chien après antibiotiques : soutenir son ventre.
- Un changement d’alimentation. Des mesures répétées montrent comment le microbiote évolue après le changement. Voir Changer la nourriture du chien : plan sur 7 à 10 jours.
- Le choix de probiotiques. Tu veux choisir à partir de données, pas selon ce qui est en promotion. Voir Probiotiques pour chien : ce que c’est et comment choisir.
Comment choisir un test de microbiote pour chien ?
Pour choisir un test de microbiote pour chien, vérifie la méthode, avec quoi le laboratoire compare le résultat, le contenu du rapport, qui te l’explique, le déroulement du prélèvement et de l’envoi, et si le test ne prétend pas poser un diagnostic. Cherche les réponses avant de commander, pas après.
| Critère | Ce qu’il faut demander | Pourquoi c’est important |
|---|---|---|
| Méthode | Séquençage de l’ARNr 16S, métagénomique shotgun ou qPCR avec Dysbiosis Index ? | Les méthodes ne voient pas les mêmes choses et leurs résultats ne se comparent pas simplement (Suchodolski, 2021). Le laboratoire devrait indiquer clairement sa méthode. |
| Comparaison avec un groupe de référence | À quelles valeurs de chiens sains ton chien est-il comparé ? | Le Dysbiosis Index dispose de plages de référence établies pour les chiens (Suchodolski, 2021). Une liste de bactéries sans comparaison est difficile à lire. |
| Contenu du rapport | Contient-il la diversité, la proportion des groupes de bactéries et l’explication des termes, ou un seul chiffre ? | La diversité, la proportion et l’évaluation de la dysbiose signifient chacune autre chose. Un chiffre isolé, sans contexte, ne suffit pas. |
| Qui explique le résultat | Reçois-tu l’explication d’un spécialiste, ou seulement un rapport plein de noms latins ? | Le résultat n’a de sens qu’avec les symptômes du chien. En fin de compte, tu le passeras de toute façon en revue avec le vétérinaire. |
| Prélèvement à la maison et envoi | Le kit contient-il une notice claire sur ce qu’il faut faire de l’échantillon et comment l’envoyer ? | La procédure du laboratoire passe toujours avant les conseils généraux. Un échantillon mal manipulé est une base moins fiable. |
| Délai de traitement | Combien de temps après la réception de l’échantillon le résultat arrive-t-il ? | La rapidité n’est pas le critère principal, mais mieux vaut savoir à l’avance quand attendre le résultat et quand tu pourras en discuter avec le vétérinaire. |
| Aucun diagnostic | Le test prétend-il détecter une maladie ou promet-il une guérison ? | La dysbiose décrit l’état des bactéries, ce n’est pas le diagnostic d’une maladie. Un test sérieux ne doit pas se faire passer pour un examen vétérinaire. |
| Répétition | Le test peut-il être refait plus tard avec la même méthode ? | Le microbiote fluctue naturellement dans le temps (Rojas et al., 2026) : l’évolution dans le même laboratoire en dit donc plus qu’une mesure isolée. |
Tu trouveras comment se déroulent le prélèvement, le résultat et l’explication chez nous sur la page Test de microbiote pour chien. Ici, il s’agit plutôt d’un guide pour comparer toi-même des offres similaires.
Comment se préparer au prélèvement ?
Avant le prélèvement, note ce que ton chien prend et mange, et suis exactement le mode d’emploi du laboratoire. Les antibiotiques, les probiotiques et un changement d’alimentation peuvent modifier le résultat : parles-en donc au laboratoire et au vétérinaire.
- Note les médicaments. Les antibiotiques peuvent modifier les bactéries intestinales pour une période plus longue : chez des chiens sains, après 14 jours de métronidazole, les changements n’avaient pas complètement disparu même quatre semaines après l’arrêt (Pilla et al., 2020). Note le nom du médicament et la date de fin du traitement.
- Note les probiotiques et les autres compléments. N’arrête pas ces produits de ton propre chef. C’est le laboratoire et le vétérinaire qui décident s’il faut les suspendre avant le prélèvement, selon ce que vous cherchez précisément.
- Note le changement d’alimentation. Dans une étude, après le passage progressif de chiens sains de croquettes à une alimentation riche en bœuf cuit, la composition des bactéries dans les selles a changé, puis elle est en grande partie revenue à l’état initial avec le retour aux croquettes (Herstad et al., 2017). Si l’alimentation a changé ces dernières semaines, indique-le.
- Prélève un échantillon frais. Prélève-le à la maison avec le kit de prélèvement, exactement selon le mode d’emploi, puis envoie-le au laboratoire.
Les exigences exactes varient d’un laboratoire à l’autre : le mode d’emploi fourni dans la boîte prime donc toujours sur un conseil général.
Pourquoi un seul résultat ne suffit-il pas ?
Le microbiote d’un chien sain évolue naturellement dans le temps : une mesure ne montre donc qu’une seule journée. Ce n’est qu’en répétant l’analyse dans le même laboratoire qu’on voit s’il s’agit d’un écart durable ou d’une fluctuation normale.
Une étude sur 35 chiens sains, dont les chercheurs ont prélevé les selles chaque mois pendant un à deux ans, a montré que chaque chien gardait son profil typique, mais que son microbiote variait nettement au fil du temps. Certaines bactéries, comme Escherichia coli, figuraient parmi les plus variables, d’autres, comme Peptacetobacter hiranonis, étaient plus stables (Rojas et al., 2026).
- Mesure dans le même laboratoire. Sinon, tu compares deux méthodes différentes, pas deux états de l’intestin.
- Lis la tendance, pas un seul chiffre. Le sens de l’évolution compte plus qu’un petit écart.
Comment se passe la discussion avec le vétérinaire autour du résultat ?
Apporte le résultat au vétérinaire avec ce que tu observes chez ton chien, car ils n’ont de sens qu’ensemble. Le laboratoire décrit les bactéries, le vétérinaire examine le chien et décide de la suite.
- Apporte les documents. Le rapport du laboratoire, la liste des médicaments et des compléments, les données sur l’alimentation et une courte note sur les selles et l’appétit.
- Demande les liens avec les troubles. Qu’est-ce qui, dans le rapport, correspond aux troubles du chien, et qu’est-ce qui n’est qu’un écart ?
- Fixe la suite avec lui. Le vétérinaire peut recommander d’autres examens, un ajustement de l’alimentation ou un prélèvement de contrôle.
- Choisis les probiotiques à partir de données. Si le vétérinaire recommande des probiotiques, le résultat peut servir de base au choix, plutôt qu’une estimation au jugé. Il n’existe toutefois pas encore d’études chez le chien montrant qu’un choix fondé sur l’analyse fonctionne mieux.
Que demander au laboratoire
- Quelle méthode utilise-t-il pour analyser l’échantillon ?
- À quoi compare-t-il le résultat, c’est-à-dire à quelles valeurs de chiens sains ?
- Combien de temps prennent les résultats et qui les interprète ?
- Que dois-je dire au laboratoire avant le prélèvement (médicaments, alimentation, compléments) ?
Un bon laboratoire te l’expliquera volontiers. Ce qu’est le microbiote du chien, tu le trouveras dans l’article Microbiote du chien : ce que c’est et pourquoi il compte.
Questions fréquentes
Le test du microbiote du chien détecte-t-il une maladie ?
Non. Le test montre quelles bactéries vivent dans l’intestin et si leur composition diffère de celle des chiens sains. La dysbiose n’est qu’une piste, pas une maladie, et plusieurs causes peuvent produire des changements semblables. Seul le vétérinaire pose un diagnostic, en tenant compte des symptômes et des autres examens. Le résultat du test peut lui servir d’élément supplémentaire.
Comment fait-on le test du microbiote du chien ?
À partir d’un échantillon de selles fraîches. Tu le prélèves à la maison dans un kit de prélèvement, exactement selon le mode d’emploi du laboratoire, puis tu l’envoies pour analyse. Note auparavant les médicaments, les compléments et les changements d’alimentation, car ils influencent le résultat. Tu reçois le résultat sous la forme d’un rapport sur la composition du microbiote, qu’il vaut mieux discuter avec le vétérinaire.
Pourquoi les résultats varient-ils d’un laboratoire à l’autre ?
Les méthodes de séquençage ne sont pas encore uniformisées et diffèrent par la procédure et par l’interprétation. On n’a pas non plus encore vérifié avec quelle précision leurs résultats se reproduisent, et les laboratoires diffèrent aussi par la manière de présenter les résultats. Les résultats de deux laboratoires ne se comparent donc pas simplement, et il vaut mieux faire les mesures répétées dans le même laboratoire.
Quelle est la différence entre le séquençage de l’ARNr 16S, la métagénomique shotgun et la qPCR ?
Le séquençage de l’ARNr 16S lit un seul gène des bactéries et détermine quelles bactéries sont présentes dans l’échantillon et dans quelle proportion. La métagénomique shotgun lit tout l’ADN, donc elle repère aussi les bactéries moins abondantes et leurs fonctions possibles. La qPCR avec Dysbiosis Index compte seulement la quantité totale de bactéries et sept groupes choisis, et les compare aux valeurs de chiens sains.
Dois-je arrêter les probiotiques ou changer l’alimentation avant le prélèvement ?
Ne change rien de ton propre chef. Dis au vétérinaire et au laboratoire ce que ton chien prend et par quoi tu le nourris, et suis leurs consignes. Les antibiotiques, les probiotiques et un changement d’alimentation peuvent influencer la composition du microbiote, les antibiotiques même pendant plusieurs semaines. C’est le vétérinaire qui décide s’il faut suspendre un complément avant le prélèvement, selon ce que vous cherchez.
À quelle fréquence répéter le test ?
Cela dépend de la raison du test. Le microbiote d’un chien sain fluctue naturellement dans le temps, si bien qu’une seule mesure n’est qu’un instantané d’une journée. Prévois donc un contrôle avec le vétérinaire, par exemple quelques semaines après un changement d’alimentation ou un traitement, et mesure dans le même laboratoire. Le sens de l’évolution compte plus qu’un seul chiffre.
Quelle est la différence entre un test de microbiote et un examen des selles à la recherche de parasites ?
L’examen des selles à la recherche de parasites cherche des œufs, des kystes ou des antigènes, par exemple de Giardia. Le test de microbiote décrit les bactéries intestinales et n’est pas conçu pour chercher des parasites. L’un ne remplace pas l’autre, et un résultat négatif n’exclut pas les parasites : le vétérinaire peut donc envisager de répéter le prélèvement en cas de troubles (Merck Veterinary Manual).
Sources
- Suchodolski JS (2021). Analysis of the gut microbiome in dogs and cats. Veterinary Clinical Pathology. doi.org/10.1111/vcp.13031
- AlShawaqfeh MK et al. (2017). A dysbiosis index to assess microbial changes in fecal samples of dogs with chronic inflammatory enteropathy. FEMS Microbiology Ecology. doi.org/10.1093/femsec/fix136
- Herstad KMV et al. (2017). A diet change from dry food to beef induces reversible changes on the faecal microbiota in healthy, adult client-owned dogs. BMC Veterinary Research. doi.org/10.1186/s12917-017-1073-9
- Pilla R et al. (2020). Effects of metronidazole on the fecal microbiome and metabolome in healthy dogs. Journal of Veterinary Internal Medicine. doi.org/10.1111/jvim.15871
- Durazzi F et al. (2021). Comparison between 16S rRNA and shotgun sequencing data for the taxonomic characterization of the gut microbiota. Scientific Reports. doi.org/10.1038/s41598-021-82726-y
- Rojas CA et al. (2026). Temporal variability is an inherent feature of the healthy canine microbiome assessed by full-length 16S rRNA gene sequencing. Animal Microbiome. doi.org/10.1186/s42523-026-00546-9
- Merck Veterinary Manual. Diagnostic Procedures for the Private Practice Laboratory: Parasitology (examen des selles, Giardia, examen répété). merckvetmanual.com
Cet article est à visée éducative et ne remplace pas un examen vétérinaire. Si tu as un doute, demande conseil à ton vétérinaire.
L’article a été relu avec l’aide de l’IA. Il s’agit d’une traduction du tchèque, elle peut donc contenir des imprécisions.